La alergia alimenticia es una forma específica de intolerancia a un alimento o a uno de sus componentes que activa el sistema inmunológico. Un alérgeno (proteína del alimento causante, que en la mayoría de la gente no causa problemas), provoca una serie de reacciones en cadena en el sistema inmunológico, entre ellas la producción de anticuerpos. Dichos anticuerpos generan la segregación de sustancias químicas, como la histamina, que produce varios síntomas, como picor, rinitis, tos o trastornos respiratorios. Normalmente las alergias a los alimentos o a sus componentes se heredan y suelen identificarse en los primeros años de vida.

La prueba de Food Test o intolerancia alimentaria, por el contrario, afecta al metabolismo, no al sistema inmunológico. Un buen ejemplo es la intolerancia a la lactosa, que se da en ciertas personas por la carencia de una enzima digestiva llamada lactasa, que descompone el azúcar de la leche.